L'inventaire de la flore de Madagascar compte de plus de 12 000 espèces de plantes vasculaires et non vasculaires. La fonge (champignons) est encore mal connue.

Environ 83 % des plantes vasculaires de Madagascar sont endémiques de la grande île. Parmi ces espèces endémiques, 900 espèces d'orchidées dont 95 % sont effectivement uniques à Madagascar, environ 200 espèces de palmiers, six espèces de baobabs et des espèces emblématiques comme l'arbre du voyageur et la pervenche de Madagascar.

Ce taux très élevé d'endémisme tient au long isolement de Madagascar après sa séparation des terres africaines et indiennes au Mésozoïque, il y a respectivement 150 à 160 et 84 à 91 millions d'années. Cependant, il reste peu de lignées de plantes de l'ancienne flore du Gondwana ; la plupart des groupes de plantes présentes à l'époque contemporaine ont immigré par dispersion transocéanique bien après la séparation des continents.

Après sa séparation continentale Madagascar a probablement connu une période sèche et les forêts tropicales humides ne se sont étendues que plus tard, de l'Oligocène au Miocène, lorsque les précipitations ont augmenté. Aujourd'hui, au Quaternaire, les forêts humides, y compris celles des basses terres, se trouvent principalement sur le plateau oriental où l'air humide de l'océan Indien se condense en pluie, arrêté par un escarpement. Une grande partie des hautes terres centrales, dans l'écorégion des forêts subhumides, est aujourd'hui dominée par des prairies, lesquelles sont largement considérées comme le résultat de la transformation humaine récente du paysage, mais certaines sont peut-être plus anciennes. La prairie se présente sous la forme d'une mosaïque avec des bois et des broussailles, y compris la forêt de tapia et des fourrés de feuillus durs sur les hautes montagnes. Les forêts sèches et les forêts succulentes se trouvent dans la partie occidentale plus sèche et se transforment en fourrés épineux uniques dans le Sud-Ouest, là où les précipitations sont les plus faibles et la saison humide la plus courte. Les mangroves sont présentes sur la côte ouest, et une variété d'habitats de zones humides avec une flore adaptée se trouvent dispersés à travers l'île.

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