En 2003, Kadhafi accepte la responsabilité de l'attaque et verse des indemnités aux familles des victimes, tout en affirmant ne pas en être à l'origine. Cette reconnaissance s'inscrit dans une série de conditions énoncées par l'ONU afin de permettre la levée des sanctions internationales contre la Libye. Cependant, l'affaire reste entourée de nombreuses zones d'ombre, notamment concernant l’éventuelle implication d’autres acteurs. Certaines théories avancent un rôle de l'Iran, qui aurait commandité l'attentat en représailles à la destruction du vol Iran Air 655 par les États-Unis en , ou encore la participation de groupes palestiniens dans l’exécution de l’opération.
À la suite de l'identification de nouveaux suspects en 2015, les États-Unis annoncent, à l'occasion du 32e anniversaire de l'attentat en 2020, la mise en accusation d’Abu Agila Mohammad Masud, un ancien officier du renseignement libyen détenu en Libye, qu'ils soupçonnent d'avoir construit la bombe à l'origine de l'attentat. Ce dernier est extradé puis placé en détention aux États-Unis en 2022.
En 1983, dans l’épisode de la saison 10 d’Inspecteur Derrick intitulé Un homme en trop, un chercheur veut arrêter ses recherches sur l’intelligence artificielle, par peur du pouvoir sans conscience que cette nouvelle génération d’ordinateurs pourrait avoir sur les humains.
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