Introduit dans le pays au Ve siècle, il influence les premiers textes légaux du pays et les premiers rituels de la cour. Bien qu'il bénéficie d'un certain prestige parmi les élites du Japon en raison de son lien avec la culture chinoise, son influence reste très limitée jusqu'au XVIIe siècle. Il connait alors pendant l'époque d'Edo un véritable âge d'or. Son corps de doctrines (en particulier le néoconfucianisme tiré des écrits de Zhu Xi, et dans une moindre mesure de ceux de Wang Yangming) est acclimaté au contexte politique japonais par des confucianistes comme Hayashi Razan et Ogyū Sorai, et de proches conseillers de shōgun comme Arai Hakuseki et Matsudaira Sadanobu. Des courants propres au Japon voient le jour lors de cette période, comme les kogaku. Il est aussi à l'origine d'un phénomène de syncrétisme avec le shintō, qui aboutit à la création de courants comme le Suika shintō et le Juka shintō. S'il perd rapidement en influence au début de l'ère Meiji, il parvient à se réinventer en philosophie sous l'influence d'Inoue Tetsujirō dès la fin du XIXe siècle. Le confucianisme est ensuite redécouvert par les milieux conservateurs sous l'impulsion de Masahiro Yasuoka pendant l'ère Shōwa. Un « confucianisme de la voie impériale » sert de cadre idéologique aux dérives militaristes et colonialistes du pays pendant la Seconde Guerre mondiale. Il devient une forme de tabou politique après la guerre en raison de ses accointances avec le régime militariste, mais il conserve une influence dans les milieux conservateurs.
Le développement de l'éducation dans le pays se fait souvent sous son influence. La Daigaku-ryō créée en 701 est modelée sur l'académie confucianiste chinoise Guozijian. Le confucianisme participe à l'essor d'un réseau d'écoles où vont être diffusées les sciences occidentales lors de la période d'Edo, et il va créer les conditions de la modernisation du pays lors l'ère Meiji. Son influence est aussi sensible dans le rescrit impérial sur l'éducation de 1890 et dans la relation de senpai et kōhai entre élèves de différents niveaux.
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