Degradacja Edmana – metoda sekwencjonowania peptydów polegająca na kolejnym odrywaniu oznakowanych aminokwasów z N-końca cząsteczki peptydu. Opracowana w 1950 roku przez szwedzkiego biochemika Pehra Edmana[1].
- Sumaryczny przebieg reakcji
Degradację Edmana wykonuje się w dwóch etapach, zasadowym i kwasowym. Pierwszy etap to reakcja N-fenyloizotiocyjanianu z terminalną grupą aminową (−NH
2), która w łagodnym środowisku alkalicznym występuje w formie obojętnej (niesprotonowanej). Otrzymany w ten sposób związek, pochodna tiomocznika, w następnym etapie w środowisku kwasu solnego ulega cyklizacji i rozpadowi do heterocyklicznego produktu degradacji nazywanego fenylotiohydantoinową pochodną aminokwasu (tzw. PTH-aminokwasu) oraz peptydu, krótszego o jeden aminokwas. Powstające PTH-aminokwasy są identyfikowane za pomocą chromatografii lub elektroforezy.
- Mechanizm degradacji Edmana
Maksymalna długość sekwencjonowanego peptydu to 50–60 aminokwasów (ze względu na nieilościowy przebieg reakcji). Sekwencjonowanie metodą Edmana może być wykonywane w sposób zautomatyzowany[2]
Przypisy
[edytuj | edytuj kod]- ↑ Pehr Edman, Method for Determination of the Amino Acid Sequence in Peptides, „Acta Chemica Scandinavica”, 4, 1950, s. 283–293, DOI: 10.3891/acta.chem.scand.04-0283 (ang.).
- ↑ Hugh D. Niall, Automated Edman degradation: The protein sequenator, „Methods in Enzymology”, 27, 1973, s. 942–1010, DOI: 10.1016/S0076-6879(73)27039-8, PMID: 4773306 (ang.).
