Dzieje inkwizycji papieskiej na Bałkanach obejmują okres ponad 300 lat, od XIII do końca XVI wieku. Ta kościelna instytucja powołana przez papieża Grzegorza IX do walki z herezjami prawdopodobnie nie rozwinęła w tym regionie działalności na większą skalę, choć z drugiej strony zachowało się bardzo niewiele źródeł dotyczących tej działalności, gdyż większość uległa zniszczeniu w okresie okupacji tureckiej i w epoce wojen napoleońskich^[1].

Półwysep Bałkański był jednym z głównych centrów herezji katarskiej, której wyznawców nazywano tam krstjanami, bogomiłami lub patarenami^[2]. Szczególnie dużą liczbę wyznawców herezja miała wśród Słowian zamieszkujących ten półwysep, a ich głównym ośrodkiem była Bośnia^[3]. Od końca XI wieku północna część Bałkanów znalazła się w orbicie wpływów katolickiego królestwa Węgier. Chorwacja od 1102 była połączona unią personalną z Węgrami, a ziemie serbskie i bośniackie częściowo również znalazły się pod władzą Węgier. Począwszy od pontyfikatu Innocentego III (1198–1216) Stolica Apostolska zaczęła naciskać na władców oraz biskupów węgierskich i dalmackich, by podjęli zdecydowane kroki w celu wykorzenienia herezji^[4]. W 1221 na Węgry dotarli pierwsi zakonnicy dominikańscy, których jednym z głównych zadań było nawracanie heretyków^[5]. Dwaj kolejni katoliccy biskupi Bośni, mianowani w 1234 i 1238, byli dominikanami (Jan z Wildeshausen i Ponsa)^[6].

Papież Grzegorz IX (1227–1241) w bulli z 7 grudnia 1239 nakazał prowincjałowi węgierskich dominikanów dobór kilku braci zakonnych, którzy mieli podjąć pracę misyjną w Bośni w celu „wykorzenienia herezji”. Tę datę traktuje się jako moment ustanowienia inkwizycji w tym rejonie^[7]. Są dowody, że dominikanie faktycznie działali na obszarze Bośni na przełomie lat 30. i 40. XIII wieku, asystując węgierskim krzyżowcom dowodzonym przez Kolomana Halickiego (zm. 1241)^[8][9]. Działalność ta wywołała czynny opór katarów. Jeszcze przed 1259 dominikańskie konwenty w Bośni zostały spalone przez heretyków^[10], a co najmniej jeden inkwizytor, Paweł z Zadaru (zm. 1255) został przez nich zamordowany^[8].

Ogromne straty ludzkie węgierskich dominikanów w czasie najazdu mongolskiego w 1241 zahamowały ich działalność misyjną w Bośni^[11]. Wprawdzie jeszcze w roku 1268 dominikański inkwizytor Andrzej prowadził dochodzenie przeciwko heretykom w Skradinie^[12], jednak ich rolę stopniowo przejmowali franciszkanie i to im przypadło faktyczne zorganizowanie inkwizycji w tym regionie^[11]. 23 marca 1291 papież Mikołaj IV polecił franciszkańskiemu prowincjałowi Slawonii wyznaczenie dwóch braci zakonnych na inkwizytorów i jednocześnie wezwał władcę Bośni Stefana Dragutina do udzielenia inkwizytorom pomocy^[13]. Kilka lat później, 29 kwietnia 1298, papież Bonifacy VIII nadał prowincjałowi Slawonii prawo mianowania i odwoływania franciszkańskich inkwizytorów na obszarze swojej prowincji zakonnej, sięgającej od Istrii i Dunaju na północy do Macedonii na południu^[14]. Decyzja ta zamyka okres formowania się urzędu inkwizycji papieskiej na podległych Węgrom ziemiach południowosłowiańskich^[15].

Choć jest prawdopodobne, że na przełomie XIII i XIV wieku prowincjałowie Slawonii wykonywali przysługujące im prawo mianowania inkwizytorów^[16], pierwszym znanym z imienia inkwizytorem w tej prowincji jest mianowany w czerwcu 1325 bezpośrednio przez papieża Jana XXII (1316–1334) franciszkanin Fabian^[17]. Niedługo potem, w związku z rozproszeniem się po niemal całej Europie heretyckich fraticellich, tj. przedstawicieli dysydenckiego odłamu zakonu franciszkanów, Jan XXII polecił węgierskiemu prowincjałowi dominikanów mianowanie inkwizytorów w celu zwalczania tego ruchu. Na mocy bulli z 1 lutego 1327 dominikański prowincjał otrzymał prawo mianowania i odwoływania inkwizytorów na całym terytorium królestwa Węgier^[18]. Te nowe przywileje dla dominikanów zostały oprotestowane przez franciszkanów z prowincji slawońskiej, jako naruszające ich prawa do prowadzenia działalności inkwizycyjnej^[19]. Ostatecznie w 1330 Jan XXII zadecydował, że na ziemiach wchodzących w skład franciszkańskiej prowincji Slawonia inkwizycja pozostanie w rękach franciszkanów, natomiast na pozostałym terytorium monarchii węgierskiej inkwizytorów będzie mianował dominikański prowincjał^[20]. Franciszkański inkwizytor Fabian udokumentowany jest po raz ostatni w bulli papieża Benedykta XII z 12 maja 1337, z której wynika, że nie mógł on liczyć na wsparcie ze strony lokalnych władz w Bośni^[21]. Jego następcą został prowincjał Slawonii Sylwester z Trogiru.

Franciszkanie sprawowali w Dalmacji funkcje inkwizycyjne aż do drugiej połowy XVI wieku, np. w 1438 prowincjał Slawonii Mikołaj z Durazzo został mianowany przez generała zakonu franciszkanów inkwizytorem Dalmacji^[22]. W zwalczaniu reformacji odgrywali jednak początkowo niewielką rolę. Inkwizytorzy Gian Pietro Celso i Valengo Tisano wręcz sami znaleźli się w kręgu podejrzeń. Wraz z utworzeniem w połowie XVI wieku inkwizycji rzymskiej (1542), w wielu regionach franciszkanie stopniowo tracili uprawnienia inkwizytorskie na rzecz dominikanów. W Dalmacji w 1578 utworzony został trybunał inkwizycji w Zadarze, kierowany przez dominikanów. Ostatni franciszkański inkwizytor Dalmacji, Giovanni Doroseo, został wygnany z Szybeniku w 1590^[23]. Franciszkanie utrzymali jednak jurysdykcję nad Istrią, gdzie w połowie XVI wieku utworzony został stały trybunał inkwizycji w Capodistrii, należący do struktur inkwizycji rzymskiej^[24].

26 marca 1451 katolicki władca Albanii Skanderbeg uznał się za wasala królestwa Neapolu. 22 września tego samego roku papież Mikołaj V wysłał do Albanii franciszkanina Eugenio Somma w podwójnej roli papieskiego nuncjusza oraz inkwizytora Albanii, Serbii i Bułgarii^[25].

• Paweł z Zadaru OP, inkwizytor Dalmacji i Bośni (zamordowany w 1255)
• Andrzej OP, inkwizytor Chorwacji (mianowany w 1268)

• Fabian OFM (udokumentowany 1325–1337)
• Sylwester z Trogiru OFM (udokumentowany 1341–1345)
• Mikołaj ze Splitu OFM (udokumentowany w 1390)
• Cristoforo da Arbe OFM (1424)
• Mikołaj z Szybeniku OFM (1426)
• Mikołaj z Trogiru OFM (1431)
• Mikołaj z Durazzo OFM (1438)
• Bernardino da Spalato OFM (1495)
• Benedetto dalla Rocca OFM (1511)
• Giacomo Rosa de Randazzo OFMConv (1530)
• Baldo Lupetina OFMConv (1535)
• Biagio da Cherso OFMConv (1546)
• Gian Pietro Celso OFMConv (1547–1549)
• Tommaso Simonetta OFMConv (1550–1552?)
• Andrea Zunta da Capodistria OFMConv (1553)
• Michele Volpini da Arbe OFMConv (1559–1567?)
• Nicola Definico da Sebenico OFMConv (1559–?)
• Egidio Draganus OFMConv (ok. 1573)
• Valengo Tisano da Pirano OFMConv, inkwizytor Splitu (1578–1585)
• Giovanni Doroseo OFMConv, inkwizytor w Szybeniku (1583–1590)

• Eugenio Somma OFM (1451)

• Henry Charles Lea: A History of the Inquisition of the Middle Ages. Vol. II. Londyn – Nowy Jork: MacMillan Co., 1887. Brak numerów stron w książce, wszystkie tomy na SUL Books w formacie PDF
• Ireneusz Wysokiński, Źródła do badań nad średniowieczną inkwizycją dominikańską na Węgrzech, w: Paweł Kras (red.): Inkwizycja papieska w Europie środkowo-wschodniej. Kraków: Esprit SC, 2010. ISBN 978-83-61989-33-2. Brak numerów stron w książce
• Steven Runciman: Manicheizm średniowieczny. Katowice: Wyd. Książnica, 2007. ISBN 978-83-250-0073-8. Brak numerów stron w książce
• Sigismund Ferrarius: De rebus Ungaricae provinciae Ordinis Praedicatorum Commentarii. Wiedeń: 1637. Brak numerów stron w książce
• Malcolm Lambert: The Cathars. Wiley-Blackwell, 1998. ISBN 978-0-631-20959-1. Brak numerów stron w książce
• Luke Wadding: Annales Minorum. Vols. I – VI. Lyon: 1625 – 1652. Brak numerów stron w książce
• Franjo Sanjek: Le catharisme des « chrétiens » bosniaques, w: Revue de l'histoire des religions, tom 190 n°2, 1976, s. 149-156